1993年3月，中克政府签订首个《文化教育合作协定》。 2004年10月，萨格勒布大学正式开设汉学专业。2006年，北京外国语大学开设克语专业。2012年5月，萨格勒布大学孔子学院正式揭牌。

　　2013年3月，教育部副部长刘利民率团访克，双方签署了《中华人民共和国教育部与克罗地亚共和国科学、教育和体育部2013-2016年教育合作计划》。根据该计划，双方每年互换政府奖学金留学生，中方同时提供若干单方面奖学金名额。刘延东副总理访克期间，宣布中国未来五年将向克提供200个政府奖学金名额，以促进两国青年交流和教育合作。2018年7月，中克签署《中华人民共和国教育部和克罗地亚共和国科学和教育部2018-2022年教育合作计划》。