1994年4月，中克签署《中华人民共和国政府和克罗地亚共和国政府科学技术合作协定》。

1997年10月，中克签署《中华人民共和国政府和克罗地亚共和国政府成立中克政府间科学技术合作委员会协议》。自1998年以来，双方科技交流逐步深化，共支持165个科技交流项目。双方在科技领域的交往与合作富有成果，中国-克罗地亚生物多样性和生态系统服务“一带一路”联合实验室成为中克双边科技创新合作的典范和样板。

2014年5月，刘延东副总理访克，出席“中克生态保护国际联合研究中心”揭牌仪式。

2019年4月，中克签署《中华人民共和国科学技术部与克罗地亚共和国科学和教育部关于联合资助研发合作项目的谅解备忘录》，中克科技创新合作增添新机制，再上新台阶。

2023年5月，中国-克罗地亚政府间科技合作委员会第十届例会在华举行。

2025年5月，中国科技部部长阴和俊率团访问克罗地亚。访问期间，阴和俊部长拜会克总理普连科维奇，就推动中克科技合作深入交换意见，并与克科学、教育与青年部富克斯部长共同主持召开中克政府间科技合作委员会第十一届例会，还共同出席了中克科技合作项目研讨会，启动实施中克“伙伴研究所”交流计划。两国科技管理部门共同主办了中克生物多样性保护与利用科技交流活动，签署《关于生物多样性保护和绿色发展科技合作的谅解备忘录》。